Подготовка научно-педагогических и научных кадров ведется 34 научными школами академии, одна из которых, научная школа военно-прикладной геофизики, представлена на соискание гранта Президента Российской Федерации для поддержки ведущих научных школ нашей страны.

Основными направлениями работы научных школ являются:

• Оперативное искусство и тактика;
• Радиационная, химическая, бактериологическая защита;
• Исследование технологических и эксплуатационных характеристик конструкционных материалов;
• Баллистическое обеспечение и теория полётов;
• Эксплуатация программного обеспечения и защиты информации вычислительных комплексов;
• Статистическая радиолокация и радионавигация;
• Прикладная геофизика;
• Теория управления и системный анализ.